Вечерний рейс авиакомпании «Аэрофлот» Томск — Москва 5 мая был направлен на посадку в аэропорт Нижнего Новгорода. Как следует из расписания Шереметьево, самолёт рейса SU 1539 (вылет из Томска в 18:26) перенаправили на запасной аэродром. Днём во вторник все московские аэропорты (Шереметьево, Домодедово, Внуково, Жуковский) приостанавливали работу в связи с действием сигнала «Ковёр». В 19:25 Шереметьево возобновил работу.
«Аэрофлот» предупредил, что будет корректировать расписание: переносить время вылета и отменять некоторые рейсы. Часть рейсов, прибывающих в Шереметьево, направили на запасные аэродромы. Рейс SU 1538, который прибыл в Томск из Москвы 5 мая, по расписанию приземлился вовремя — в 17:12 по местному времени. Авиакомпания приносит извинения за доставленные неудобства.